CRAN Taskview zu reproducible research

Resourcen

• Reproducible Research with R and RStudio

• A crash course in reproducible research in R

Ein Markdown Dokument mit Rstudio erzeugen

Mein erstes mit R erzeugtes Word Dokument

Erstes Beispiel

Rmarkdown - erste Schritte

Markdown ist eine sehr einfache Syntax, die es Benutzern erlaubt, aus einfachen Textdateien gut gelayoutete Dokumente zu erstellen.

**fettes Beispiel**
*kursives Beispiel*
~~durchgestrichen~~
- Aufzählungspunkt

fettes Beispiel

kursives Beispiel

durchgestrichen

• Aufzählungspunkt

Weitere Markdown Befehle

### Überschrift Ebene 3
#### Überschrift Ebene 4
[Meine Github Seite](https://github.com/Japhilko)

Überschrift Ebene 3

Überschrift Ebene 4

Meine Github Seite

Weitere Markdown Befehle

• So kann man Bilder einbinden:
• Man kann entweder einen Link angeben:

![BSP](http://e-scientifics.de/content/example_kinderbild.jpg)

• oder einen (Unterordner) in dem das Bild liegt:

![BSP 2](figure/example.png)

• in den eckigen Klammern steht die Bildunterschrift
• alle gängigen Formate (.png, .jpeg,.gif) können so eingebunden werden
• Man kann auch noch weitere Optionen spezifizieren (Größe, Breite etc.) - dazu später mehr

Chunks - Erste Schritte

• Es lassen sich so genannte Chunks einfügen
• In diesen Chunks wird ganz normaler R-code geschrieben

Button um Chunks einzufügen

• Die default Version eines Chunks ist R
• Man hat aber auch die Möglichkeit andere Programmiersprachen einzubinden

Inline Code

n=100

Ein inline Codeblock: 100

Chunk Optionen

• Man kann den Chunks Optionen mitgeben:

• Bei eval kann ein logischer Wert angegeben werden oder eine/mehrere Nummer(n)

Optionen

Optionen für Word Output

Code Hervorhebung

• pygments Hervorhebung

• tango

Das Paket knitr

install.packages("knitr")

library("knitr")

• Das Paket knitr enthält zahlreiche wichtige Funktionen
• Beispiel: Befehl kable um Tabellen zu erzeugen

Eine Tabelle mit kable erzeugen

a <- runif(10)
b <- rnorm(10)
ab <- cbind(a,b)
kable(ab)

Vorlagen verwenden

• Formatvorlagen können verändert werden

1. Ein Word Dokument mit Rmarkdown erstellen
2. Das Dokument in Word öffnen und Format verändern
3. Vorlage als Referenz angeben

Resourcen

• Interview - Ein Word Dokument mit wenig Aufwand schreiben

• pander: Ein R Pandoc Wrapper

• Ein Schummelzettel

• Einführung in Markdown

• Warum TeX besser als Word ist

Präsentationen mit Rmarkdown - beamer Präsentationen

Beamer Optionen

Beamer Themen

Chunks einfügen

• Auch hier lassen sich natürlich Chunks einfügen
• Wenn cache=T angegeben ist, wird das Ergebnis des Chunks abgespeichert
• Es ist sinnvoll die Chunks zu benennen, dann findet man auch das Ergebnis einfacher

Ergebnis - Cache

Wie man das im Header des Dokuments angibt

---
title: "Intro - Erste Schritte"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "10 April 2017"
output:
  beamer_presentation: 
    colortheme: beaver
    theme: CambridgeUS
---

Inhaltsverzeichnis I

Inhaltsverzeichnis II

output: 
  beamer_presentation: 
    toc: yes

Optionen für die Graphikeinbindung

• fig_caption: false, wenn man keine Bildunterschriften haben möchte

Präsentationen mit Sweave

• Das Dokument erstellen

Sweave Präsentation

• Ganz normaler LaTeX Code wird verwendet

Chunks bei Sweave

• Auch hier kann R-code verwendet werden

Chunk Optionen

• Auch bei Sweave Chunks können Optionen mitgegeben werden

Inline Code

• Manchmal braucht man das Ergebnis direkt auf der Folie

\Sexpr{}

Inline Code - das Ergebnis

PDF Paper mit R

• Mit R ist es möglich Berichte oder Paper zu erzeugen
• Dies eignet sich besonders gut, wenn man viel Code hat oder einen Bericht sehr oft erzeugen muss
• Literatur lässt sich am Besten mit einem bibtex file einbauen

Jabref

• Literaturverwaltungssystem

Referenz mit R bekommen

• Mit dem Befehl citation() bekommt man sehr schnell die Referenz

install.packages("RMySQL")

citation("RMySQL")

## 
## To cite package 'RMySQL' in publications use:
## 
##   Jeroen Ooms, David James, Saikat DebRoy, Hadley Wickham and
##   Jeffrey Horner (2017). RMySQL: Database Interface and 'MySQL'
##   Driver for R. R package version 0.10.11.
##   https://CRAN.R-project.org/package=RMySQL
## 
## A BibTeX entry for LaTeX users is
## 
##   @Manual{,
##     title = {RMySQL: Database Interface and 'MySQL' Driver for R},
##     author = {Jeroen Ooms and David James and Saikat DebRoy and Hadley Wickham and Jeffrey Horner},
##     year = {2017},
##     note = {R package version 0.10.11},
##     url = {https://CRAN.R-project.org/package=RMySQL},
##   }

Das bibtex file einbinden I

Das bibtex file einbinden II

---
title: "R Schnittstellen"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "21 April 2017"
output: 
  pdf_document: default
bibliography: Rschnittstellen.bib
---

Das Ergebnis

Links

• Optionen für Beamer Präsentationen

• Wie R und LaTeX zusammen funktionieren

Präsentationen - Rpres der einfachste Weg

Eine erste Präsentation

Erste Daten eintragen

• Für Vergessliche:

date()

## [1] "Fri May 05 15:43:02 2017"

Eine Folie mit Formel

• Die Formel kann wie in LaTeX eingegeben werden

$$
\begin{equation}\label{eq2}
t_{i}=\sum\limits_{k=1}^{M_{i}}{y_{ik}}=M_{i}\bar{Y}_{i}. 
\end{equation}
$$

Zwei Spalten

Folie mit zwei Spalten
====================================
Erste Spalte
***
Zweite Spalte

Folienübergänge

transition: rotate

Weitere mögliche Folienübergänge

• none
• linear
• rotate
• fade
• zoom
• concave

Folientypen

Ein neues Kapitel einfügen
====================================
type: section

Anderer Folientyp
====================================
type: prompt

Noch ein anderer Folientyp
====================================
type: alert

Die Schriftart wechseln

• Die CSS Schrifttypen können verwendet werden

Meine Präsentation
========================================
author: Jan-Philipp Kolb
font-family: 'Impact'

Schrifttypen können auch importiert werden

Meine Präsentation
========================================
author: Jan-Philipp Kolb
font-import: http://fonts.googleapis.com/css?family=Risque
font-family: 'Risque'

Kleineren Text

Normale Schriftgröße

<small>This sentence will appear smaller.</small>

Die Präsentation anschauen

• Das Ergebnis ist hier zu sehen:

http://rpubs.com/Japhilko82/FirstRpubs

Eine ioslides Präsentation

ioslides - Der Start

Weitere Dinge tun

• Ein Bild einbinden

![picture of spaghetti](images/spaghetti.jpg)

Ein Logo hinzu

---
title: "ioslides Beispiel"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "20 April 2017"
output: 
  ioslides_presentation:
    logo: figure/Rlogo.png
---

Tabellen

• Quelle: R Studio, and Presentations, and Git! Oh my!

library(knitr)
a <- data.frame(a=1:10,b=10:1)
kable(table(a))

knitr Engines

• knitr Language Engines

• slidify

slidy Präsentationen

Was sind Cascading Style Files ([CSS](https://en.wikipedia.org/wiki/Cascading_Style_Sheets))?

• Stylesheet-Sprache für elektronische Dokumente
• eine der Kernsprachen des World Wide Webs.
• CSS wurde entworfen, um Darstellungsvorgaben weitgehend von den Inhalten zu trennen

CSS und R

• Custom CSS
• CSS pro tipps

Beispiel CSS

Das CSS ändern

Um den Präsentationstyp zu ändern kann man das CSS verändern

• Cascading Style Sheets (CSS)

• Bspw. lässt sich die Farbe (HTML) ändern.
• Man kann eine andere Schriftart wählen
• Es gibt zahlreiche Möglichkeiten der Schriftformatierung

• Daneben gibt es viele weitere Dinge, die sich mit dem CSS steuern lassen

Ein HTML Dokument erzeugen

Ein Template verwenden

Weitere Vorlagen nutzen

• Es gibt viele Formate - manche müssen erst aktiviert werden:

install.packages("rticles")

Vorlagen für Markdown

Das Paket rmdformats - HTML Output Formats and Templates for ‘rmarkdown’

install.packages("rmdformats")

• ProjectTemplate - Automates the Creation of New Statistical Analysis

install.packages("ProjectTemplate")

• tufte - Tufte’s Styles for R Markdown Documents

install.packages("tufte")

Beispiele für Templates

Beispiel R-Pakete

Paket installieren

install.packages("flexdashboard", type = "source")

Ein Dashboard erstellen mit Rstudio

Mein erstes Dashboard

Gallerie

Links

• Verschiedene Markdown Dokumente zusammen fügen

• Verschiedene CSS Fonts

Notebooks

• Warum R Notebook nutzen

Ein Rnotebook anlegen

Rnotebook - erste Schritte

• Es lassen sich so genannte Chunks einfügen
• In diesen Chunks wird ganz normaler R-code geschrieben

Python Code integrieren

• Ebenso lässt sich Python code implementieren

import sys
print(sys.version)

## 3.5.2 (v3.5.2:4def2a2901a5, Jun 25 2016, 22:01:18) [MSC v.1900 32 bit (Intel)]

LaTeX Code integieren

• LaTeX code wird mit zwei Dollarzeichen gekennzeichnet

Notebook veröffentlichen I

Notebook veröffentlichen II

Jupyter Notebook

• Anaconda installieren
• folgenden Befehl in die Eingabeaufforderung eingeben
• Bei Windows findet man diese, wenn man cmd in Suche eingibt.

jupyter notebook

Start Jupyter Notebook

Beispiel Eingabe Code

Beaker Notebook

• Auch bei Beaker kann man R-code einbauen

Beaker starten

• Beaker installieren …
• … und mit beaker.command.bat starten

Links

• knitr Language Engines

• More engines

• Andere Programmiersprachen können eingebunden werden

• Video - Einführung in Rnotebook

• R Notebooks

• IPython vs knitr, or Python vs R

• Datacamp Tutorial - Jupyter Notebook

• Better interactive data science with Beaker and Rodeo

• Knit directly to jupyter notebooks from RStudio

• Python-Markdown

• Podcast

Aufgabe: Bearbeiten Sie ein Notebook weiter

• Suchen Sie folgendes Notebook auf meinem Github Ordner:

• Lassen Sie sich die Raw Version anzeigen

• Laden Sie das Notebook herunter:

• Und bearbeiten Sie es so weiter, dass sie die Geokodierung für eine Adresse bekommen, die für Sie interessant ist (Hbf, Hotel, Restaurant etc.)